Diagnoza genetyczna poprzez sekwencjonowanie calego egzaminu

Yang i in. (Wydanie 17 października) opisują zastosowanie sekwencjonowania całego egzomu u 250 pacjentów z potencjalnie chorobą genetyczną, czego wynikiem było rozpoznanie molekularne u 25% z nich. Łącznie 30 pacjentów miało dające się wyłapać medycznie przypadkowe odkrycia w sumie 16 genów; 18 z tych pacjentów miało genotypy, które American College of Medical Genetics i Genomics zaleca się zgłaszać lekarzowi prowadzącemu. Jak zauważono w artykule wstępnym autorstwa Jacoba, 3 zgłoszenie tych przypadkowych ustaleń to szara strefa. Opowiadamy się za rolą zespołu wyspecjalizowanych specjalistów w interpretowaniu takich odkryć. Na przykład Yang i in. zidentyfikowali mutację PKP2 p.S140F u 2 pacjentów (0,8%), która jest podobna do stwierdzonych u 26 z 6503 osób (0,4%, P = 0,28) w projekcie GO Exome Sequencing Project (ESP5400) z National Heart, Lung i Blood Institute (evs.gs.washington.edu/EVS). Ta mutacja została zgłoszona jako pat ogenna (www.arvcdatabase.info) 4, ale nie znaleźliśmy dowodów na dużą rodzinę z kardiomiopatią arytmogenną, która powoduje podatność na choroby.5 Ponadto stwierdzono, że 3 z 250 pacjentów miało nonsens lub TTN. mutacja zmiany ramki odczytu jest podobna do stwierdzenia w 2 z 249 kontroli, 6 co stawia pod znakiem zapytania, czy te mutacje TTN są prawdziwie medycznie możliwe do zastosowania. Te przykłady pokazują znaczenie konsultacji z wielodyscyplinarnymi ekspertami, takimi jak wyspecjalizowani kardiolodzy, genetycy molekularni i genetycy kliniczni. Paul A. van der Zwaag, MD, Ph.D. Jan DH Jongbloed, Ph.D. J. Peter van Tintelen, doktor medycyny University of Groningen, Groningen, Holandia pavan.der. nl Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem. 6 Referencje1. Yang Y, Muzny DM, Reid JG, i in. Kliniczne sekwencjonowanie całego egzema do diagnozy zaburzeń mendelowych. N Engl J Med 2013; 369: 1502-1511 Bezpłatny, pełn y tekst Web of Science Medline 2. Zielony RC, Berg JS, Grody WW i in. Zalecenia ACMG dotyczące zgłaszania przypadkowych ustaleń w egzemiale klinicznym i sekwencjonowaniu genomu. Genet Med 2013; 15: 565-574 Crossref Web of Science Medline 3. Jacob HJ. Sekwencjonowanie nowej generacji do diagnostyki klinicznej. N Engl J Med 2013; 369: 1557-1558 Full Text Web of Science Medline 4. van der Zwaag PA, Jongbloed JD, van den Berg MP, i in. Baza danych genetycznych wariantów arytmogennej dysplazji / kardiomiopatii prawej komory. Hum Mutat 2009; 30: 1278-1283 Crossref Web of Science Medline 5. Groeneweg JA, van der Zwaag PA, Jongbloed JD, i in. Lewa dominująca kardiomiopatia arytmogenna w dużej rodzinie: powiązany genom desmosomalny lub nondesmosomalny? Heart Rhythm 2013; 10: 548-559 Crossref Web of Science Medline 6. Herman DS, Lam L, Taylor MR, i in. Skracanie titiny powodujące rozszerzenie kardiomiopatii. N Engl J Med 2012; 366: 619-628 Bezpłatny, pełny tekst Web of Sci ence Medline Obawiamy się, że pionierskie podejście Yang et al. do klinicznego sekwencjonowania całego egzonu, choć wyraźnie skuteczne, nie pozwala rodzinom na uzyskanie testów na ciężką chorobę genetyczną bez poddawania się testom wielu niepowiązanych zaburzeń genetycznych i statusu nosicielstwa w pewnych autosomalnych stanach recesywnych. Takie podejście pozbawia rodziny prawa do odmowy niepożądanego genetycznego skriningu i odmawia dzieciom prawa do samodzielnego decydowania, czy należy poddać się testom genetycznym w warunkach, które nie występują przed wiekiem życia.1 Przez początkowe filtrowanie pod względem wariantów zgłoszonych w bazie danych mutacji genów ludzkich (www.biobase-international.com/product/hgmd), Yang et al. wybrane zmiany w tysiącach genów niezwiązanych z fenotypem, dla którego przeprowadzono testowanie, znacznie zwiększając liczbę wariantów przetaczanych do ich analitycznego filtrowania. Istnieje alternatywne podejście , które powoduje mniej przypadkowych odkryć: filtruj duży początkowy zestaw wariantów genomowych zgodnie z częstotliwością alleli2 i podejrzanym wzorcem lub wzorami dziedziczenia z wykorzystaniem danych o rodzicach i innych rodzinach3 i pozostaw komentarz z HGMD i funkcjonalnymi i interpretacja patogenetyczna do końca procesu. Dr med. Jan M. Friedman Shelin Adam, mgr inż. University of British Columbia, Vancouver, BC, Kanada jan. ca Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem. 3 Referencje1. Burke W, Matheny Antommaria AH, Bennett R, i in. Zalecenia dotyczące zwrotu przypadkowych odkryć genomowych? Musimy porozmawiać! Genet Med 2013; 15: 854-859 Crossref Web of Science Medline 2. Dorschner MO, Amendola LM, Turner EH, i in. Aktywne, patogeniczne przypadkowe odkrycia w egzoszeniu 1000 uczestników Am J Hum Genet 2013; 93: 631-640 Crossref Web of Science Medline 3. Adams DR, Sincan M, Fuente [podobne: urolog, ginekolog Warszawa, alergolog ]

[patrz też: pou u laryngologa, szarłat spożywczy, laryngolog w dublinie ]